La Red Natura 2000 es una de las grandes herramientas de la Unión Europea para la aplicación de una Política Común en materia de Medio Ambiente. Desde la aprobación de la Directiva Hábitats en 1992, los gobiernos de la Comunidad Europea se comprometen a la creación de la red ecológica Natura 2000, lo que ha constituido la iniciativa más importante para la conservación de la naturaleza en la historia del continente europeo. Las políticas de conservación se fundamentan en dos leyes: la Directiva de Hábitats –focalizada en la conservación de los hábitats, flora y fauna silvestres–, y la Directiva de Aves, cuyo objetivo es la conservación de especies de aves silvestres.
La Red Natura 2000 ha de asegurar una adecuada protección de la biodiversidad, contemplando no sólo espacios naturales, sino también hábitats seminaturales fruto de la interacción del hombre y sus actividades, convirtiéndose así en un marco ideal para el mantenimiento y la conservación de los paisajes tradicionales.
La Directiva Hábitats pretende garantizar la biodiversidad mediante la conservación de los hábitats naturales y de las especies de fauna y flora silvestres. Para ello se han seleccionado unos Lugares de Importancia Comunitaria, que en el momento que son designados por los Estados pasan a denominarse Zonas de Especial Conservación.
En el interior del Geoparque del Maestrazgo encontramos las Muelas y estrechos del Río Guadalope (que engloba a los términos municipales de Aliaga, Cantavieja, Cañada de Benatanduz, Castellote, Ejulve, Fortanete, Pitarque, Tronchón y Villarluengo), Maestrazgo y Sierra de Gúdar (que además de a otros municipios que no forman parte del Geoparque incluye a Allepuz, Cañada de Benatanduz, Cantavieja, Fortante, La Iglesuela del Cid, Mosqueruela, Puertomingalvo y Villarroya de los Pinares), Rambla de las Truchas (Cantavieja, La Iglesuela del Cid y Mosqueruela), Cueva del Recuenco (Ejulve), La Solana (Ejulve) y la Cueva de Baticambras (Molinos).
Por otro lado la Directiva de Aves se utiliza para designar a las Zonas de Especial Protección para las Aves y protege a los lugares de mayor relevancia para la conservación de las aves silvestres ya sea por su función alimentaria, reproductiva o migratoria.
Entre estas zonas destaca el entorno del “Río Guadalope-Maestrazgo”. Por su amplia extensión (16.046 ha) y por estar integrado en su totalidad dentro del Geoparque del Maestrazgo, destaca el Lugar de Interés Comunitario de las Muelas y estrechos del Río Guadalope.